雖然近兩年來代建制開始全面推行，但總體上看仍處于探索和完善階段，由于思想認(rèn)識不統(tǒng)一、規(guī)章制度不完善、實踐經(jīng)驗不足等原因，在實施過程中遇到了一些困難和阻力，急需研究解決。
(一)代建單位的法律地位有待明確，與使用單位的責(zé)權(quán)利關(guān)系需要進一步劃清。從目前情況看,代建單位的法律地位不明確，在辦理各種工程建設(shè)手續(xù)的過程中，其身份難以被有關(guān)行政管理部門認(rèn)可，造成工作被動。代建單位與使用單位的職責(zé)、權(quán)利和義務(wù)的劃分還不清晰，代建合同的簽訂方式和內(nèi)容不規(guī)范。另外，有些使用單位對于代建工作存在一定的抵觸情緒，不是自覺自愿接受項目代建，在代建過程中或是不積極主動配合，什么事都不管；或是不愿放棄自己的權(quán)力，過多干涉代建單位的正常工作。
(二)代建市場尚待培育，缺少水平高、專業(yè)性強的代建主體。 目前，各地對代建單位的資格條件和市場準(zhǔn)入要求比較模糊，對代建單位的資質(zhì)認(rèn)定、等級劃分等沒有明確的標(biāo)準(zhǔn)和依據(jù)。代建市場處于發(fā)育期，代建主體少，尤其缺少經(jīng)驗豐富、水平高的代建企業(yè)，還未形成良性的市場競爭。
(三)代建服務(wù)計費無明確規(guī)定，標(biāo)準(zhǔn)偏低。目前各地的代建取費標(biāo)準(zhǔn)大多是參照建設(shè)單位管理費的標(biāo)準(zhǔn)來執(zhí)行。但建設(shè)單位管理費與代建服務(wù)費相比存在較大差異，不包括代建單位必須支出的工資、稅金以及應(yīng)該獲得的合理利潤等內(nèi)容，因此費率偏低，不利于吸引優(yōu)秀企業(yè)參與代建。
(四)如何建立合理的代建單位激勵約束機制有持進一步探索。許多地方對于代建項目節(jié)約投資進行提成獎勵，其目的是鼓勵代建單位千方百計控制投資、節(jié)約建設(shè)資金。但在實施過程中，這一規(guī)定有可能對代建單位產(chǎn)生誤導(dǎo)，誘使代建單位為贏取節(jié)支獎勵而偷工減料、降低建設(shè)標(biāo)準(zhǔn)，從而使工程質(zhì)量難以得到有效保證。另外有些使用單位總是要求代建單位要盡量用完批準(zhǔn)的投資，使兩者之間產(chǎn)生利益沖突，造成工期拖延。
(五)政府部門直接管理的組織模式，增加了日常工作量和行政風(fēng)險。各地代建制的組織模式各異，但基本都是政府有關(guān)部門直接管理代建項目的組織實施，這使得主管部門直接面對代建項目實施過程中的各種矛盾和問題，過多陷于具體事務(wù)，增加了日常工作量，不利于提高工作效率。另外，有些地方還采取政府管理部門與代建單位、使用單位共同簽訂代建合同的方式，由于代建合同的內(nèi)容十分詳盡和繁雜，主管部門在項目實施過程中稍不留意，就有可能因各方對合同內(nèi)容理解上的差異等原因而引發(fā)仲裁或行政訴訟，加大了行政風(fēng)險。
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