從豐田研發(fā)組織的變遷（關(guān)于豐田案例的詳細介紹，可參考本文后所附的文獻），可以看出研發(fā)組織設(shè)計需要處理好幾個方面的矛盾：
矩陣的兩個維度之間（項目與專業(yè)，或者說客戶導(dǎo)向與技術(shù)共享）的矛盾；
技術(shù)能力的深度與廣度之間的矛盾；
扁平化與管理幅度之間的矛盾；
技術(shù)創(chuàng)新與項目風(fēng)險之間的矛盾
矩陣的兩個維度
任何研發(fā)或技術(shù)服務(wù)組織都存在矩陣組織的兩個維度，橫向是客戶導(dǎo)向的、以項目為基礎(chǔ)的組織，縱向是技術(shù)導(dǎo)向的、以專業(yè)為基礎(chǔ)的組織。這兩個維度之間可能存在的矛盾包括：
項目經(jīng)理傾向于開發(fā)盡可能完美的產(chǎn)品，以擴大產(chǎn)品的銷量，因此可能導(dǎo)致產(chǎn)生很多功能相近、但各不相同的零部件，而從控制成本的角度，需要在不同產(chǎn)品之間盡可能的共享技術(shù)和零部件。
項目經(jīng)理傾向于獨占項目人力資源，而專業(yè)部門的經(jīng)理則需要考慮有限的資源如何滿足多個項目的需求。
處理好這些矛盾，需要定義明確的管理職責(zé)、流程和績效，也需要有效的信息共享和溝通，以及人員能力、企業(yè)文化和價值觀的支持。
在豐田，主任工程師（重量級項目經(jīng)理）對顧客需求、產(chǎn)品價值、整車的技術(shù)指標和規(guī)格、成本目標、產(chǎn)品規(guī)劃、項目進度負責(zé)，是每個新車型的主人。專業(yè)部門（車身、底盤、發(fā)動機等）的經(jīng)理負責(zé)工程師的選擇和培養(yǎng)、專業(yè)知識的管理、通用零部件的協(xié)調(diào)、人力資源的管理。
為了保證在不同車型之間共享零部件以降低成本，豐田按照不同的車型平臺把研發(fā)組織分為三個開發(fā)中心，后輪驅(qū)動的車型開發(fā)放在第一中心，前輪驅(qū)動的車型開發(fā)放在第二中心，雷克薩斯車型開發(fā)放在第三中心。以車型平臺相似性組織開發(fā)中心，有利于實現(xiàn)不同平臺之間的零部件共享和控制開發(fā)成本。開發(fā)中心的負責(zé)人管理所有的專業(yè)部門和開發(fā)項目，以促進專業(yè)之間和項目之間的協(xié)調(diào)。另外，豐田還采用了主任工程師的層級結(jié)構(gòu)（即大項目經(jīng)理管理小項目經(jīng)理），以促進項目之間的技術(shù)共享。
除了組織設(shè)計和職責(zé)定義，豐田還提倡客戶第一、尊重主任工程師、培養(yǎng)具有協(xié)作意識的專業(yè)經(jīng)理、尊重知識和經(jīng)驗的企業(yè)文化，來保證矩陣組織的高效運作。在豐田，培養(yǎng)一個主任工程師一般需要12年的時間。
我認為，企業(yè)共享的產(chǎn)品和零部件數(shù)據(jù)庫、企業(yè)級的項目計劃和資源管理平臺，也有助于平衡矩陣組織的兩個維度。
技術(shù)能力的深度和廣度
專業(yè)分工的細化有利于知識經(jīng)驗的積累和工作效率的提高，同時也會帶來大量的協(xié)調(diào)問題。而且，工程師的知識面過于狹窄，不利于全面、系統(tǒng)的分析和設(shè)計產(chǎn)品，也影響產(chǎn)品的整體優(yōu)化。
在90年代初豐田研發(fā)組織調(diào)整的過程中，就將原來的車身工程部和內(nèi)飾工程部整合到一起，以拓寬工程師的知識面，減少專業(yè)之間的協(xié)調(diào)。
平衡工程師技術(shù)能力的深度和廣度，需要考慮企業(yè)的技術(shù)策略，對于相對比較成熟的技術(shù)，可以考慮拓寬技術(shù)能力的廣度。而對于新技術(shù)和核心技術(shù)，則可以考慮增加技術(shù)能力的深度。
扁平化與管理幅度
豐田在90年代初對研發(fā)組織調(diào)整的動因之一，就是因為原有的組織結(jié)構(gòu)的管理協(xié)調(diào)難度太大，主任工程師需要在12個大專業(yè)部門和48個小專業(yè)部門之間進行協(xié)調(diào)，專業(yè)部門的經(jīng)理往往要同時管理15個項目，導(dǎo)致組織運作的效率越來越低。
因此，豐田才將一個大的開發(fā)中心（7000人）分解為三個小開發(fā)中心（1500－1900人），以提高溝通和協(xié)調(diào)的效率。調(diào)整之后，每個工程師只需要在6個大專業(yè)部門的15個小專業(yè)部門之間進行協(xié)調(diào)，每個專業(yè)部門的經(jīng)理一般只需要同時管理5個項目，提高了溝通和協(xié)調(diào)的效率。
由此可見，由于管理幅度的限制，必須通過組織分解來降低管理的復(fù)雜性。而組織分解往往帶來管理層級的增加。也許解決這一矛盾的途徑在于改變思維模式，突破傳統(tǒng)