和一般工程企業(yè)相比，有其自身優(yōu)勢(shì)但受技術(shù)更新程度、IT項(xiàng)目特殊化和其資源的限制，往往使得這些因素給多項(xiàng)目管理的實(shí)施帶來(lái)更突出的影響。這些因素將集中表現(xiàn)在：
?。?）項(xiàng)目管理組織結(jié)構(gòu)與企業(yè)項(xiàng)目運(yùn)作的適應(yīng)程度。
管理層批準(zhǔn)了項(xiàng)目后，企業(yè)就要面臨項(xiàng)目管理組織結(jié)構(gòu)的選擇，企業(yè)可以選擇傳統(tǒng)的職能型組織、獨(dú)立的項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)或某種形式的矩陣結(jié)構(gòu)，但事實(shí)上是：即便結(jié)構(gòu)相同的企業(yè)，項(xiàng)目管理方式也會(huì)存在很大的差異，歸根到底也是組織文化的差異，它對(duì)項(xiàng)目組織結(jié)構(gòu)將產(chǎn)生直接的影響。
另外，大多數(shù)IT企業(yè)將研發(fā)、銷售和財(cái)務(wù)等專業(yè)人才分配到不同部門，這種自然的歸類所形成的工作方式、習(xí)慣、規(guī)范和價(jià)值觀將會(huì)阻礙不同職能領(lǐng)域的“整合”。這種潛伏的障礙給項(xiàng)目提出一個(gè)難題：項(xiàng)目管理權(quán)威在等級(jí)結(jié)構(gòu)中如何確定并使之合法。
隨著項(xiàng)目管理方式的變化，組織生活激烈的重構(gòu)，IT企業(yè)還會(huì)將項(xiàng)目工作中的重要部分外包出去，面臨“虛擬管理”問(wèn)題。而且IT企業(yè)中關(guān)鍵性部門的經(jīng)理或?qū)ζ髽I(yè)利潤(rùn)有著直接影響的人能對(duì)另外一個(gè)并非他們直接負(fù)責(zé)的部門的運(yùn)作和決策制定并實(shí)施顯著的影響，這些將明顯增加企業(yè)項(xiàng)目組織結(jié)構(gòu)選擇的難度。
?。?）小項(xiàng)目大問(wèn)題
日益增加的競(jìng)爭(zhēng)使得顧客滿意程度自身得到一種溢價(jià)，客戶提出的特定需求往往需要企業(yè)迎合其定制的產(chǎn)品和服務(wù)，從而有更多的職能人員扮演著項(xiàng)目經(jīng)理的角色。這些項(xiàng)目的并行實(shí)施面臨的最大困難就是多項(xiàng)目管理組織環(huán)境（Multi-project management）的建立以及對(duì)支持組織戰(zhàn)略的小項(xiàng)目進(jìn)行優(yōu)化排序的組合過(guò)程。然而令企業(yè)管理者感到困惑的是：小項(xiàng)目不會(huì)占用稀缺資源或資金，各項(xiàng)目對(duì)企業(yè)利潤(rùn)貢獻(xiàn)價(jià)值又不大，但實(shí)行的結(jié)果往往是管理的低效率，企業(yè)的整體利潤(rùn)不見(jiàn)增長(zhǎng)，然而客戶的滿意度要求又不得不需要項(xiàng)目經(jīng)理把項(xiàng)目維持下去。這種小項(xiàng)目反映出來(lái)的大問(wèn)題在IT企業(yè)中顯得尤為突出，當(dāng)然這在其他行業(yè)中也是普遍存在的。
（3）多項(xiàng)目管理中的協(xié)調(diào)問(wèn)題
在多項(xiàng)目環(huán)境中，企業(yè)對(duì)項(xiàng)目進(jìn)行管理的總體目標(biāo)是所有項(xiàng)目的共同成功而非個(gè)別項(xiàng)目的成功。但遺憾的是每一個(gè)項(xiàng)目經(jīng)理都會(huì)傾向于選擇對(duì)自己項(xiàng)目有利的行為，使自己項(xiàng)目得到高層最大的支持，從而獲取較高的資源優(yōu)先級(jí)別。一旦各個(gè)項(xiàng)目間的協(xié)調(diào)溝通不暢，將會(huì)出現(xiàn)以下最常見(jiàn)的問(wèn)題：全面性的進(jìn)度滑坡，一個(gè)項(xiàng)目的延遲造成其它項(xiàng)目的連鎖反應(yīng)；資源利用效率低，出現(xiàn)不和諧的波峰和波谷；關(guān)鍵資源“瓶頸”使多個(gè)項(xiàng)目實(shí)施耽誤。
每個(gè)企業(yè)的資源有限，這是不爭(zhēng)的事實(shí)，所以即便是一個(gè)能力非常強(qiáng)的項(xiàng)目經(jīng)理也會(huì)使想盡辦法使項(xiàng)目受高層領(lǐng)導(dǎo)特別關(guān)注，這樣會(huì)比較容易爭(zhēng)取到最好、最多的資源，從而能謀求到項(xiàng)目利益的最大化。但它同時(shí)也造成了其它項(xiàng)目資源短缺或資金來(lái)源受阻，導(dǎo)致進(jìn)度延遲，也極大的損害了它項(xiàng)目團(tuán)隊(duì)和項(xiàng)目經(jīng)理的積極性。
另外，IT企業(yè)部門邊界的模糊很容易導(dǎo)致利益的沖突和部門之間相互扯皮，從而導(dǎo)致效率低下。較好的做法是各自找到一個(gè)利益的均衡點(diǎn)，但這種舊平衡的破壞和新均衡的形成一方面使組織周而復(fù)始的處于超常態(tài)的變化中，迫使項(xiàng)目成員在職能命令和項(xiàng)目命令選擇時(shí)左右為難，另一方面使項(xiàng)目經(jīng)理花費(fèi)更多的時(shí)間精力來(lái)指揮協(xié)調(diào)各職能部門為其項(xiàng)目服務(wù)，甚至還會(huì)出現(xiàn)因項(xiàng)目經(jīng)理權(quán)限無(wú)法介入的尷尬局面。
?。?）人本意識(shí)控制力度
IT企業(yè)的產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整、軟件開(kāi)發(fā)技術(shù)的升級(jí)，都需要有掌握相關(guān)知識(shí)的員工，尤其是那些掌握關(guān)鍵知識(shí)的員工在IT企業(yè)中顯得更為重要。但事實(shí)上是這些企業(yè)大多面臨著高知識(shí)員工的短缺問(wèn)題，而核心員工的去留很大程度上卻決定著企業(yè)的生存和發(fā)展。歸結(jié)到多項(xiàng)目管理環(huán)境