目經(jīng)理和部門經(jīng)理不能協(xié)調(diào)好研發(fā)人員、資金的分配，那么項目組內(nèi)部的沖突不可避免，直接影響到各個研發(fā)項目的進程。同時企業(yè)對于研發(fā)知識的積累程度也決定了應該選擇那些項目，因為研發(fā)項目的開展直接依賴于相關(guān)研發(fā)人員的技術(shù)支持和企業(yè)積累的研發(fā)知識的共享管理。有了相關(guān)研發(fā)項目背景和研發(fā)人員的支持，可以大大縮短研發(fā)周期，因此這類項目必為研發(fā)項目組合的首選。
五、企業(yè)聯(lián)盟研發(fā)風險
70年代，IBM公司同成立不久的微軟公司合作開發(fā)操作系統(tǒng)，結(jié)果使操作系統(tǒng)成為微軟的核心產(chǎn)品，IBM最后不得不在操作系統(tǒng)方面采用微軟的標準，且微軟的市值最終在1993年超過了IBM。聯(lián)盟研發(fā)在為企業(yè)帶來一系列資源與優(yōu)勢的同時，也常常使企業(yè)不得不面對某些風險。聯(lián)盟進行研發(fā)過程中可能會面臨如下風險：
1)聯(lián)盟研發(fā)不可避免會造成企業(yè)技術(shù)的流失
為了獲得新技術(shù)，合作方必須拿出一定的技術(shù)進行共享，以此建立一個平臺，在此基礎上開始新的技術(shù)攻關(guān)。在本企業(yè)向?qū)Ψ綄W習、盡可能獲得對方知識和技術(shù)、共享雙方合作研究成果的同時，對方也會同樣如此。企業(yè)以正式或者非正式的手段從外部獲得信息和知識的同時，面臨不得不保護自己的知識技術(shù)和智力資本的困惑，蘋果公司和微軟的合作，說明了這一困境的客觀存在及其嚴重性。1982-1984年，蘋果公司在開發(fā)麥金托什機時，同微軟公司合作開發(fā)數(shù)據(jù)庫、圖形應用程序等，結(jié)果微軟公司的工程師開發(fā)圖形界面產(chǎn)品的關(guān)鍵技能取得了長足進展，很快開發(fā)出了視窗式操作系統(tǒng)。后來蘋果公司起訴微軟非法獲得其圖形界面技術(shù)，但未能勝訴。
2)競爭風險
當企業(yè)與競爭者合作開發(fā)某項技術(shù)時，往往會因此使競爭對手的力量得到壯大。由于雙方從事的業(yè)務相同或者相似(或具有上下游關(guān)系)，在本企業(yè)通過聯(lián)盟研發(fā)獲得某種技術(shù)成就的同時，合作者很可能也因此獲得了技術(shù)上的關(guān)鍵性突破?；蛘哒f，在本企業(yè)的資源和能力得到互補之際，競爭對手的資源和能力也因此獲得了互補。在一些情形下，甚至出現(xiàn)對方獲得的互補效應大于本企業(yè)，從而出現(xiàn)了親手培養(yǎng)出更加強大的競爭對手的局面。例如，美國通用汽車公司最初同大宇公司合作的意圖在于了解并占領東亞市場，結(jié)果卻是大宇公司不僅在東亞同通用展開激烈的競爭，而且在東歐市場對通用構(gòu)成了嚴重威脅。
3)關(guān)鍵技術(shù)人才的流失
通過合作，合作方企業(yè)有機會更加清楚地了解到本企業(yè)的技術(shù)骨干和潛在的技術(shù)人才。在聯(lián)盟結(jié)束后，對方可能以更高的薪資、更高的職位或者其他方面的優(yōu)惠將本企業(yè)的人才奪走。這些人才的流失，不僅會導致企業(yè)未來開發(fā)能力的迅速下降，而且可能會導致本企業(yè)已經(jīng)積累的一些技術(shù)訣竅的流失。
聯(lián)盟研發(fā)的必然趨勢和固有的風險常常使企業(yè)陷于兩難境地。一方面，為了自身的生存和長遠發(fā)展，企業(yè)需要尋求必要的聯(lián)盟合作;另一方面，聯(lián)盟研發(fā)又必然帶來自身技術(shù)、知識等一定程度的流失。因此，企業(yè)必須在積極開展聯(lián)盟研發(fā)的同時，努力尋求有效規(guī)避與控制可能面對的各種風險，在獲得預期合作效果的同時盡可能減少損失。