統(tǒng)的效率低。作為國(guó)家創(chuàng)新體系中的企業(yè)系統(tǒng)，科技系統(tǒng)， 教育 系統(tǒng)等各個(gè)部分，互相之間的整合的效率也較低，仍然存在互相脫節(jié)的問(wèn)題。企業(yè)想要技術(shù)和項(xiàng)目，可科研院所又拿不出有水平有市場(chǎng)的成果。各個(gè)子系統(tǒng)交流合作不夠，難以形成合力，就難以發(fā)揮整個(gè)創(chuàng)新體系的功能。
(二)完善我國(guó)國(guó)家創(chuàng)新體系的構(gòu)想
針對(duì)以上問(wèn)題，要推進(jìn)創(chuàng)新體系的建設(shè)，必須借鑒國(guó)外好的經(jīng)驗(yàn)，實(shí)行開(kāi)放型的體制。
第一，轉(zhuǎn)變政府職能。其核心是處理好與市場(chǎng)的關(guān)系。凡是能通過(guò)市場(chǎng)機(jī)制，通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)來(lái)調(diào)節(jié)的領(lǐng)域，政府部門(mén)就要退出，政府部門(mén)不應(yīng)該代替企業(yè)去創(chuàng)新，應(yīng)該以宏觀調(diào)控和提供服務(wù)為主。在市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)條件下，技術(shù)創(chuàng)新的項(xiàng)目選擇應(yīng)當(dāng)由市場(chǎng)決定，創(chuàng)新的高回報(bào)也應(yīng)該由企業(yè)享有，政府不應(yīng)介入這個(gè)過(guò)程。要應(yīng)對(duì)跨國(guó)公司R&D全球化挑戰(zhàn)，實(shí)現(xiàn)自主創(chuàng)新，就必須從根本上改革我國(guó)的國(guó)家的創(chuàng)新系統(tǒng)，以促進(jìn)全社會(huì)科技資源高效配置和綜合利用，提高科技創(chuàng)新能力，為我國(guó)的研究機(jī)構(gòu)參與國(guó)際市場(chǎng)創(chuàng)造條件。
第二，充分發(fā)揮企業(yè)創(chuàng)新主體作用。除了上述所說(shuō)的比技術(shù)引進(jìn)更重要的技術(shù)積累和技術(shù)傳播，即在引進(jìn)的基礎(chǔ)上消化，改進(jìn)，發(fā)展，進(jìn)而普及它之外，一個(gè)問(wèn)題就是如何在國(guó)內(nèi)完成技術(shù)轉(zhuǎn)讓，即把新技術(shù)新產(chǎn)品普及到企業(yè)中去。在日本，政府和企業(yè)的科研機(jī)構(gòu)進(jìn)行著密切的合作，即進(jìn)行聯(lián)合研究開(kāi)發(fā)，因此能夠較順利的推進(jìn)技術(shù)轉(zhuǎn)讓。而在中國(guó)尚缺乏這種密切合作的機(jī)制。政府應(yīng)當(dāng)從稅制、 金融 等方面采取優(yōu)惠措施，積極扶持企業(yè)建立和加強(qiáng)研究開(kāi)發(fā)機(jī)構(gòu)，支持科研人員“下?！眲?chuàng)辦企業(yè)。
第三，充分利用外國(guó)資源。正如上文中所提到的，經(jīng)濟(jì)全球化和科研全球化的環(huán)境給我國(guó)利用國(guó)外資源，完善國(guó)家創(chuàng)新體系帶來(lái)了機(jī)遇。要加強(qiáng)我國(guó)企業(yè)與跨國(guó)公司的研發(fā)合作，利用跨國(guó)公司技術(shù)優(yōu)勢(shì)增強(qiáng)我國(guó)自主創(chuàng)新能力，促進(jìn)我國(guó)的企業(yè)和機(jī)構(gòu)主動(dòng)與跨國(guó)公司加強(qiáng)研發(fā)合作。
第四，重視發(fā)揮中小企業(yè)，民營(yíng)科技企業(yè)的重要作用。很多研究顯示，中小企業(yè)在創(chuàng)新的量和質(zhì)上都表現(xiàn)出較高的水平。美國(guó)有研究指出，盡管大企業(yè)有巨大的研發(fā)投資，但大企業(yè)常常把工作的重點(diǎn)放在對(duì)現(xiàn)有產(chǎn)品的改進(jìn)和降低其成本方面，而小企業(yè)更可能投資于具有根本性的創(chuàng)新。[11]小企業(yè)和大企業(yè)的差異主要表現(xiàn)在技術(shù)創(chuàng)新的動(dòng)力機(jī)制和環(huán)境因素及創(chuàng)新能力方面。開(kāi)創(chuàng)基業(yè)的技術(shù)創(chuàng)新的動(dòng)力機(jī)制決定小企業(yè)創(chuàng)新的重點(diǎn)更多放在技術(shù)突破和填補(bǔ)技術(shù)空白上。同樣，民營(yíng)科技企業(yè)也不可忽視，要加強(qiáng)對(duì)民營(yíng)企業(yè)發(fā)展的指導(dǎo)和服務(wù)。建立面對(duì)民營(yíng)科技企業(yè)經(jīng)營(yíng)者的培訓(xùn)制度，理順民營(yíng)科技企業(yè)的產(chǎn)權(quán)關(guān)系，完善 現(xiàn)代 企業(yè)制度。